艾灸的穿透性是其他热疗所不具备的功能，艾灸的灸感也是你做其他热疗所不能体会到的。艾灸产生的热具有透热，扩热，传热，近端不热远端热，表皮不热，皮下脏腑、胸腹热等特点。所以我们做完艾灸之后，这个热感会在我们身体里面残留，少则几十分钟，多则几个小时，甚至一两天。很多人反映，做完艾灸后，感到身体暖暖的，很舒服，原因就在于艾灸强大的穿透力。
据现代的医学表明，艾草点燃之后所发出的红外线是我们现在所用红外线灯一类器械，包括其他一些物体点燃之后发出的红外线的穿透力的N倍。临床上经常有这样的例子，比如一个人肾上长了个囊肿，或者是胃里长了什么东西，用中药、刮痧等方法调理的话，很难作用到病灶处。但如果用艾灸的话，就可通过它强大的穿透力，让热能和艾草的功效从体表直接渗透到囊肿所在的位置，达到活血化瘀散结的作用。就这是为什么，艾灸调理乳腺增生、子宫肌瘤，以及一些内部的炎症，比其他方法更有效。